Videos muestran autos y casas sumergidos, y personas caminando por aguas hasta la cintura.
Las inundaciones, que comenzaron a principios de la semana, están principalmente concentradas en el estado nororiental de Kelantan, que limita con Tailandia.
Allí, la Agencia Nacional de Gestión de Desastres dice que los evacuados representan el 63% del número total.
Hasta ahora, el número de desplazados supera al de 2014, que fue una de las peores inundaciones del país.
La agencia de desastres ha establecido 679 refugios de emergencia para los afectados.
También están afectados Terengganu, Kedah, Negeri Sembilan, Perlis, Selangr, johor, Melaka y Perak.
Las provisiones para la gestión de desastres se han enviado a los gobiernos de Terengganu y Kelantan, según la oficina del primer ministro.
El viernes, prohibió a sus miembros del gabinete que se fueran de vacaciones para que pudieran centrarse en el desastre.
En Tailandia vecina, seis provincias han declarado un desastre, y las inundaciones están afectando a más de 240,000 hogares, según el Ministerio del Interior.
El ejército ha sido desplegado para rescatar a las personas necesitadas.
La temporada de monzones de Malasia comienza en noviembre, y las inundaciones no son infrecuentes.
En 2021, enfrentó algunas de sus peores inundaciones en décadas, que mataron al menos a 14 personas.